La LPO AURA en Auvergne anime et participe à plusieurs Plan Nationaux ou Régionaux d’Action pour la protection d’espèces menacées : Milan royal, Pies-grièches, Chauve-souris, Busard cendré, Sonneur à ventre jaune… Ces programmes visent à définir les actions nécessaires à la conservation et à la restauration de ces espèces.
La LPO anime également des plans locaux pour la protection d’espèces emblématiques du territoire auvergnat telles que la Chevêche d’Athéna, les Sternes, le Courlis cendré, le Grand-duc d’Europe, le Lézard ocellé… et des sites Natura 2000 dont certains ont été désignés pour protéger un certain nombre d’espèces devenues rares en Europe.
Par ailleurs, la LPO est engagée dans des programmes thématiques nationaux déclinés en région : Des Paysans et des Ailes dans nos Campagnes (pour la sauvegarde des espèces des milieux agricoles) et le LIFE SafeLines4Birds (mise en place de pratiques concertées pour diminuer la mortalité des oiseaux liée aux lignes électriques).
Enfin, La LPO accueille chaque année plus de 2000 oiseaux en détresse dans son Centre de Sauvegarde pour oiseaux sauvages.