Protocole de récolte de matériel génétique


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Protocole de récolte de matériel génétique pour la Loutre

Les techniques de biologie moléculaire permettent d’utiliser des indices de présence, notamment poils et épreintes, comme source d’ADN. Selon la quantité de matériel disponible, l’identification des individus selon leur génotype permet d’étudier les mouvements individuels, de définir les limites de territoires, d’estimer la taille des populations, mais aussi d’établir les relations de parenté entre individus et l’histoire récente ou plus ancienne de ces populations…
Les études génétiques sont réalisées par l’étude de Friburg (Suisse)

A savoir : une collecte bien faite donne des résultats exploitables à plus de 80%, alors que dans de mauvaises conditions, ils peuvent n’être que de 20% !

Protocole de terrain

Matériel de terrain

  • 5 à 10 petits tubes remplis de gel Silica, munis d’une étiquette pour la collecte et la conservation (à demander au coordinateur déprtemental)
  • 1 Feutre indélébile
    Dans la voiture :
  • 1 Glacière contenant des pains réfrigérés

Où et quand chercher les épreintes ?
La période la plus favorable pour la collecte se situe entre mi-septembre et mai.
Les lieux les plus favorables pour trouver les épreintes sont les passages sous les ponts, les seuils, les confluences et tout rocher, arbre, objet insolite, qui marque le linéaire de la rivière.

Comment récolter une épreinte ?
Une fois trouvée, l’épreinte (avec le mucus qui l’entoure) doit être poussée délicatement avec un bout de bois dans un tube rempli d’un dessiccateur (Gel Silica). Ce tube est fourni (bien fermé pour garantir l’étanchéité).
Il faut impérativement changer de bout de bois entre deux échantillons afin de ne pas échanger de matériel (cellules ou ADN) entre les échantillons, ce qui compromettrait les analyses génétiques.
Inscrire sur le tube des renseignements qui permettront d’identifier sans ambiguïtés l’échantillon collecté. Le minimum est donc la date de collecte, l’observateur, le site (coordonnées X,Y ou numéro) et un identifiant d’observation.

Ce qu’il faut savoir  :

  • L’ADN est dégradé par l’action conjointe des UV et de l’humidité et par des microorganismes, et cette dégradation est d’autant plus rapide que la température est élevée. Il est donc fortement recommandé de récolter les épreintes par temps froid et sec si possible et de placer les échantillons au froid (glacière + bloc congélateur) le plus rapidement possible.
  • Le même protocole est applicable pour la récolte des gelées utilisées pour le marquage du territoire.
  • Il n’est pas nécessaire de prendre toutes les épreintes d’un site, les loutres en ont besoin malgré tout ! Des prélèvements sur un grand linéaire permettent d’analyser plus justement la population de la rivière.

Comment conserver les échantillons ?

  • Epreintes
    Une fois rentré de mission, il faut congeler les échantillons (-18 à -20°C) afin de limiter la dégradation de l’ADN. Le temps de ramener les tubes avec les épreintes jusqu’au congélateur, le gel Silica a le temps de faire effet (il capte l’eau pour éviter l’éclatement des cellules à la congélation). Toutefois si le gel a viré au blanc (saturation en humidité), il est préférable de transférer l’épreinte dans un nouveau tube (sur lequel il faut aussi transférer les informations !) et attendre 2–3 heures avant de les congeler. Il est important de noter sur le tube si ce genre d’opération a été effectué.
  • Poils
    Les poils trouvés doivent être stockés dans des enveloppes en papier à température ambiante ou dans des tubes remplis de dessiccateur (Gel Silica) et congelés à -20°C. Avant de mettre les échantillons au congélateur, il est recommandé de vérifier que toutes les informations sont notées sur le tube.
  • Cadavres
    Ils doivent être congelés pour des raisons de confort… Bien conserver les informations liées au cadavre sur une fiche référencée.
  • Tissus
    Stocker les échantillons de tissus musculaires dans l’éthanol 100 % à température ambiante et à l’abri de la lumière.

Comment restituer les échantillons pour analyse ?

Via internet  : Il faut transmettre les informations relatives à la donnée. Sous VisioNature, inscrire l’observation et indiquer l’identifiant unique d’observation (reportée sur le tube) dans les commentaires pour assurer la traçabilité de l’échantillon. Des observations telles que l’état de fraîcheur de l’épreinte et les conditions de température et d’ensoleillement lors de la récolte, peuvent aussi être ajoutées aux commentaires.

Il est très important de ne pas congeler/décongeler les échantillons ce qui est particulièrement destructeur pour l’ADN. Les échantillons sont décongelés lors d’un ramassage chez les observateurs ou lors de leur envoi par la Poste (Chronopost) à une date décidée en avance par le coordinateur régional. Tout délai entre la date de réception (=décongélation) et la date d’analyse des échantillons diminue les chances de succès.


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